Q1:真核转录组与原核转录组的建库方式为什么不一样?
真核生物的mRNA具有polyA尾结构,因此在建库时可以利用含有oligo(dT)的磁珠对其进行富集,而后针对富集的mRNA进行测序文库构建。原核生物的mRNA不具有特殊结构,因此在建库时只能通过rRNA去除的方式从Total RNA中富集mRNA。
Q2:转录组测序如何设置生物学重复?
一般科研项目推荐设置3个生物学重复。生物学重复可以提高分析结果的置信度,目前SCI期刊对转录组文章都会有重复的要求。
Q3:转录组测序后如何验证测序结果?
对于转录组测序的验证最常见的方法为,选取测序得到的差异基因使用实时荧光PCR(qRT-PCR)的方法进行验证。还有FISH(原位荧光杂交)、Northem blot等方法。