转录组测序揭示早期胚胎发生过程中细胞命运决定的分子机制
物种：拟南芥
拉丁名：Arabidopsis thaliala
样品选择：早期胚胎顶细胞系（ACL）和基细胞系（BCL），每个细胞类型包含3个独立的生物学重复。
测序策略：Illumina PE150。
研究结果：
1、为了研究拟南芥顶细胞系（ACL）和基细胞系（BCL）分化过程中基因的时空表达，研究者对2个细胞的原胚(合子分裂后细胞分化的初始阶段)和32个细胞的胚胎(BCL的成熟阶段)进行了对比分析。原胚首先进行手工显微解剖，然后分离顶端区和基底区进行RNA测序。
2、合子分裂后，ACL形成一个独特的转录组谱，而BCL转录组谱与合子类似。而在原胚发育过程中，BCL转录组谱发生高度变化，ACL的转录组则相对一致。
ACL和BCL的转录组谱差异变化
3、基因时序表达分析显示ACL和BCL通过激活不同的分子通路决定细胞分化命运。
ACL和BCL特异性分化阶段的基因时序表达
4、1 cell 胚胎和32 cells 胚胎阶段的ACL和BCL保守基因大部分在合子中共表达。ACL中从卵细胞和合子中继承了较高的表达水平的大部分基因，在BCL中特异性下调；而BCL保守基因发生特定的转录组重构。
ACL和BCL细胞系特异基因表达模式
5、lncRNA和选择性剪接在早期胚胎中的表达模式呈现发育阶段依赖性，揭示胚胎发生早期，lncRNA和选择性剪接也导致细胞系特异性分化。
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