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产品介绍结果展示经典案例常见问题

常见问题

Q1：全长转录组中Polymerase reads，Subreads，CCS和 FLNC分别指什么？

Polymerase read：DNA聚合酶完成一次DNA合成后所获得的一段核苷酸序列，包含adaptors以及进行多次滚环测序所获得的序列。

Subreads：每一个polymerase read被分割形成一个或多个subreads，包含插入片段的单条链被聚合酶经过单次测序的序列，不包括接头序列。

CCS：circular consensus sequencing reads，环形一致性序列，这种一致性序列通过对来自单个ZMW中的subreads进行比对产生。使用CCS算法产生的CCS reads至少需要读取两轮来自插入片段的subreads。

FLNC：full-length non-chimeric 序列，指满足两端引物，3’端poly-A尾均被完整测出且不存在序列嵌合的一类全长非嵌合CCS。

Q2：全长转录组产品的优势？

基于PacBio平台的全长转录组无需打断拼接，直接获得完整的转录本信息，从而得到更准确的可变剪接、融合基因等结构信息。

二代测序由于读长的限制，所得到的的测序数据和准确度都会低于全长转录组。

Q3:全长转录组为什么推荐“三+二”？

全长转录组可以对转录本进行定性分析，侧重于分析转录本结构；而普通转录组常用于基因的差异表达，侧重于定量分析。两种研究方法的侧重点具有差异又能完美互补。另外，使用“三+二”的研究思路，可以对两种测序结果进行相互校正，提高分析结果准确性。