Q1:GWAS分析如何选择材料?
(1)保证选取的样本具有足够的代表性;
(2)样本中不能有明显的亚群分化(例如生殖隔离等),因为明显分化的群体会使得遗传背景的噪音较大;
(3)建议选择几个比较重要且遗传力较高的表型性状作为研究的重点;
(4)质量性状尽量为0、1二值性状,并且两类性状的样本数应当尽量相近;
(5)数量性状尽量精确量化记录(如抗病性可以量化为发病率、死亡率、存活率、病斑数、病斑面积等,而不是简单的多级衡量),并使表型总体呈近似正态分布;
(6)栽培植物可以进行多年多点多重复记录,多年多点的观测结果可以分别进行关联分析,多重复可以取平均值进行关联分析;
(7)表型变异丰富、性状有明显的主效位点控制时样本量可以适当减小,推荐200个以上;表型差异较小,多基因控制时样本量应当增大,推荐500个以上。