基因组重测序揭示桑树驯化、扩张和性状改良的遗传基础
题目：Genomic Resequencing Unravels the Genetic Basis of Domestication, Expansion, and Trait Improvement in Morus Atropurpurea
发表期刊：Advanced Science
发表时间：2023年6月
测序策略：llumina、PacBio、Nanopore、Hi-C
研究物种：雄株“Huiqiu1”和雌株“Tang10”
研究结果：
研究者对雄性品种“Huiqiu1”和雌性品种“Tang10”完成了染色体水平的基因组组装，这两个品种均属于M.atropurpurea，在我国南方广泛种植。然后研究者对290份桑树品种进行了重测序，，并结合已发表135个品种和川桑进行后续分析。在这些材料中共鉴定到2,375,117个高质量的SNPs以及934,187个InDels。系统发育树将所有品种分成五个亚群：野生种、M.atropurpurea（包括地方品种1、地方品种2和MECMA（优良品种）亚群）、CIH（中国的种间杂交种）、JIH（日本的种间杂交种）以及MAM（包括MA（M.alba）和MM（M.multicaulis）亚群），与主成分分析的结果一致。
系统发育树和admixture分析显示，来自日本的种质（JIH组）属于Landrace1组的广东桑（43%）与MM（44%）或MA（13%）组之间的种间杂交，而CIH组主要由Landrace2组的广东桑和MM（31%）或MA之间的杂交产生。来自东南亚国家（泰国、越南和印度）的桑树材料与原产于云南（中国）的桑树资源聚在Landrace1群中，表明这些地区的桑树之间的关系更为密切。来自韩国、阿塞拜疆、乌克兰和阿根廷的品种集中在MM和MA组，这些品种可能分散在中国中部或北部，推测广东桑可能在中国南方独立驯化。
425份重测序桑树材料的系统发育关系和群体结构
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