香菇高质量单倍型基因组揭示其双核间的遗传差异
文章题目:Haplotype-Resolved Genome Analyses Reveal Genetically Distinct Nuclei within a Commercial Cultivar of Lentinula edodes
发表期刊:Journal of Fungi
发表时间:2022年2月
测序策略:HiFi+Hi-C+Illumina
研究结果:
研究团队通过HiFi测序和Hi-C辅助组装,构建了高质量的香菇单倍型的染色体水平基因组,其中SP3组装的基因组大小为50.83Mb,contig N50=3.4Mb;SP30组装的基因组大小为49.80Mb,contig N50=2.64Mb。在此基础上,比较了香菇单倍型基因组与其它株系的共线性,鉴定到了不同香菇株系间的共有和特有基因,并发现共有基因主要富集在基础代谢和细胞成分相关的通路中。此外,深入的共线性分析揭示了SP3和SP30基因组间的染色体重排以及重排基因的功能差异,从而揭示了两者间的遗传差异。总之,此研究为后续香菇不同品种间遗传差异、子代基因组重组等研究提供了新见解。
香菇SP3和SP30的基因组特征