核心基因与非核心基因分析
获得泛基因组大小、获得编码基因的数目、核心基因的数目和比例、非核心基因的数目和比例等,以及进行GO和KEGG的功能注释等。
SV检测及影响分析
统计SV的类型(PAV/倒位、易位、缺失、插入)、SV的长度分布、SV区域重复序列的含量、SV的分布,以及SV对基因结构和功能的影响。
PAV-群体进化/PAV-GWAS分析
PAV-GWAS分析既能与已有的SNP-GWAS结果相互验证,也能发现新的与性状相关的基因,进而可以更好的解释表型的形成机制。
图形泛基因组构建<
简单的线性泛基因组无法直观地对结构变异进行表征,而基于图形的泛基因组组装可以有效地整合所有新组装基因组的遗传变异。