单分子测序解决人类皮肤宏基因组复杂性难题
Resolving the Complexity of Human Skin Metagenomes Using Single-Molecule Sequencing
样本:皮肤表面微生物群落,手臂和足部样品。
研究结果:
① 研究人员采用了PacBio RS II和Illumina HiSeq两种测序平台对手部和足部的菌群进行解析。其中PacBio RS II产生了26 Mb(手部)和622 Mb(足部)的数据;Illumina Hiseq双端测序(PE100)共产生了805 Mb(手部)和3.04 Gb(足部)的测序数据。
② PacBio测序量看似较少,但是已经足以从人的皮肤菌群样本中组装、注释、构建获得一例此前未知微生物(Corynebacterium simμLans及其相应的噬菌体)的高质量基因组。
③ 三代测序技术显著减少了Contig的数量,大大降低了序列拼接和基因组组装的难度;并且仅仅采用少量三代测序的长片段序列,就能极大地提升二代短片段测序数据的拼接组装效果,显著改善二代测序数据拼接碎片化严重的问题。
研究结论:
① 利用三代测序技术可以节约后期数据处理(如组装、拼接)的难度和时间成本;
② 利用二代测序的大数据量,可以对组装得到的contig甚至全基因组的丰度进行精确统计比较。