Q1：如何评估研究物种基因组大小？
在进行基因组de novo项目前，首先是需要了解基因组大小，已确定基因组复杂性，常见几种方法如下：
① 数据库查询
植物基因组大小查询：http://data.kew.org/cvalues
动物基因组大小查询：http://www.genomesize.com
②流式细胞仪测定评估基因组大小
③基因组Survey，相对前两种方法，可准确评估基因组大小，除此，可了解基因组重复序列比例及杂合率等，进一步评估基因组复杂情况，再制定后续高性价比的基因组de novo测序策略。
Q2：目前三代测序基因组组装常用软件？
①在三代测序技术应用早期，大部分基因组测序策略中采用低于30X PacBio数据以辅助二代基因组组装，组装策略多为二三代数据混合组装，常用软件为PBcR、Nanocorr，Spades和MaSuRCA， 在组装前二代数据对三代数据纠错。目前二三代数据结合组装常采用三代数据对已组装的二代数据进行gap filling。
② 两种二三代结合组装的方法相对单独二代数据组装基因组的Contig提升都较低，目前建议直接纯三代的100x long read进行组装，常用软件组装软件如HGAP、PBcR、Canu、MARVEL和FALCON
③ 在组装得到contigs后，一般会用前面的三代序列对基因组Polish，如PacBio的Quiver、Arrow，Nanopore的Nanopolish，或Nanopore和PacBio数据都适用的Racon，二代Illumina数据采用Pilon对基因组polish。
Q3：如何对基因组组装结果的可靠性进行评估？
菲沙基因会采用多方法组合对基因组组装结果评估：
①Contig N50和Scaffold N50指标；
②将subreads比对回组装基因组，评估组装完整性及测序均匀性；
③将Illumina reads比对回组装基因组，评估组装正确性；
④CEGMA或BUSCO分析，以验证保守核基因的完整性；
⑤利用已有的EST或RNA-seq/Iso-seq数据的Unigenes来评估Scaffold组装出的基因完整性；
⑥利用已有的BAC或Fosmid克隆序列作为Reference，来评估常染色体区域的覆盖度。
备注：以上评估内容中⑤ ⑥部分，需要合作伙伴提供相对应的序列信息才能进行评估。
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