Q1：ATAC-seq技术通常与哪些技术结合起来研究？
ATAC-seq获得的是全基因组处于开放状态的序列，这些序列包含了潜在的调控元件，属于表观遗传学的范畴，它通常与RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C等技术相结合，可以深入研究基因表达的调控机制。
Q2：ATAC-seq中细胞器污染的问题如何解决？
起初ATAC-seq获得的开放序列中有很大比例的细胞器数据，后来有文献（Corces etal. 2017）经过条件优化，能将大部分细胞器去除。现在我们的经验表明，动物ATAC-seq序列中比对到线粒体的数据比例低于10%，植物ATAC-seq序列中比对到线粒体和叶绿体的数据比例低于35%，无需担心细胞器污染问题。
Q3：ATAC-seq需要生物学重复吗？测多少数据量？周期如何？
至少需要做2个生物学重复，推荐3个重复。我们采用PE150测序策略，每个样本的测序量20G。周期为40个工作日（2个月）。
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