影响因子：54.908
发表时间：2022年1月
研究材料：寄生虫感染的绵羊粪便样品
研究方法：Meta Hi-C，二代WGS，三代HiFi
研究团队：加州大学旧金山分校等
主要内容：
本研究对寄生虫感染的绵羊粪便宏基因组进行测序，得到短序列和HiFi数据量分别是154G和255G，同时对该样品还进行了Hi-C测序，该研究利用HiFi数据进行metaFlye组装，然后使用bin3c软件对HiFi contigs和Hi-C linkage数据进行分箱，得到428个完整度超过90%的MAG，其中有44个MAGs是单个成环的contigs。为了分析密切相关的菌株(谱系)，研究者开发了MAGPhase计算工具，它通过区分数百上千碱基基因组序列中的变异单倍型来分离相关生物的谱系。MAGPhase共计识别了220个谱系分辨率的MAGs，并且绘制测序深度覆盖度图验证单个谱系的准确性。这种解析复杂微生物群落中密切相关微生物的能力提高了生物合成基因簇的识别以及将移动遗传元件及其宿主基因组进行关联的精确度。在该研究中，研究人员确定了1400个完整的和350个部分完整的生物合成基因簇，其中大部分是新发现的。最后，研究人员使用107M的Meta Hi-C read和部分长读长数据，基于细菌-宿主相互作用的分析流程将病毒或质粒的contig进行评估，确认了424（298）个存在潜在关联的宿主-病毒（宿主-质粒）。

潜在关联的宿主-病毒

影响因子：6.06
发表时间：2022年2月
研究材料：两个病人在两个时间点的粪便
研究方法：宏基因组、Meta Hi-C
研究单位：俄罗斯科学院基因生物学研究所
主要内容：
该研究从两名患有严重脑损伤并有不同预后、长期依赖于重症监护室支持系统的病人（CCI）中收集了两个时间点（相隔一到两周）的粪便样本，利用Hi-C技术和宏基因组技术重建了基于宏基因组组装的基因组，推导出了样本的耐药基因组，并使用基于Hi-C的网络分析了细菌与抗生素耐药基因、质粒和病毒的联系。该研究发现，CCI病人的肠道菌群结构富含机会致病菌。基于Hi-C的分箱比传统的宏基因组分箱在重建MAGs的数量、完整性和污染方面都更有优势。并以克雷伯氏肺炎杆菌为例，证实染色质构象捕获有助于对临床重要的病原体进行比较基因组分析。该研究发现了耐药基因组与抗菌治疗之间的多样关联，还通过分析Hi-C发现了多个“宿主-质粒”和“宿主-噬菌体”的联系。

抗生素耐药性分析（cfxA基因与拟杆菌门的contigs相关，OXA和TEM基因与克雷伯氏菌属或志贺氏菌属的变形杆菌染色体contig相关）

影响因子：8.14
发表时间：2021年2月
研究材料：粪便
研究方法：Meta Hi-C，Meta 3C
研究单位：法国巴斯德研究所
主要内容：
该研究组装得到近150万个contig，经过分箱和评估，得到了304个高质量和411个中级质量的MAG，注释得到大多数噬菌体是特异性的且仅感染一种细菌。6000个以上的相互作用连接MAG和噬菌体序列，从而可以探究前噬菌体-宿主的互作，进而得知有关噬菌体新陈代谢的见解。这些噬菌体序列中有四分之三似乎是休眠的溶原性噬菌体，但相当大比例的噬菌体群体的测序read覆盖率高于其特定宿主的，说明这些噬菌体正在积极的分裂。另外，crAss样噬菌体代表了广泛存在于人类肠道中的一大类噬菌体，其宿主多样性在此之前相对难以捉摸。该研究检测到17个crAss样噬菌体家族成员的序列，确定了不同样本中17个contigs的宿主都属于拟杆菌属。

CrAss样噬菌体及其相关宿主